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木瓜蛋白酶（Papain），又稱木瓜酶，是一種蛋白水解酶。它是由212個氨基酸組成，分子量為21000，屬于含硫基（——SH）肽鏈內切酶。

廣泛地存在于番木瓜的根、莖、葉和果實內，其中在未成熟的乳汁中含量最豐富。

木瓜蛋白酶的活性中心含半胱氨酸，屬于巰基蛋白酶，它具有酶活高、熱穩定性好、天然衛生安全等特點。