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硫酸軟骨素廣泛分布于動物組織的細胞外基質和細胞表面，糖鏈由交替的葡萄糖醛酸和N-乙酰半乳糖胺（又稱N-乙酰氨基半乳糖）二糖單位組成，通過一個似糖鏈接區連接到核心蛋白的絲氨酸殘基上。

雖然多糖的主鏈結構并不復雜，但就硫酸化程度、硫酸基和兩種差異向異構糖醛酸再鏈內的分布來說，呈現高度的不均一性。